Традиционно грызуны разделяются на три подотряда: белкообразные (Sciuromorpha), мышеобразные (Myomorpha) и дикобразообразные (Hystricomorpha). Но в последнее время всё больше замечают, что систематика грызунов гораздо сложнее.

1. Подотряд белкообразные (Sciuromorpha)
      1.1 семейство аплодонтиевые (Aplodontiidae)
       1.2 семейство беличьи (Sciuridae), в том числе белка (Sciura) и сурок (Marmota)
        1.3 семейство соневидные (Gliridae)
2. Подотряд боброобразные (Castorimorpha)
        2.1 семейство бобровые (Castoridae)
        2.2 семейство гоферовые (Geomyidae)
        2.3 семейство мешотчатопрыгуновые (Heteromyidae)
3. Подотряд дикобразообразные (Hystricomorpha)
[u]3.1.[/u] 0надсемейство свинкообразные (Cavioidea)
3.1.2 семейство агутиевые (Dasyproctidae)
3.1.3 семейство водосвинковые (Hydrochoeridae)
3.1.4 семейство пакарановые (Dinomyidae)
3.1.5 семейство свинковые (Caviidae)
  3.2.0. надсемейство нутриеобразные (Octodontoidea)
3.2.1 семейство восьмизубые (Octodontidae)
3.2.2 семейство колючешиншилловые (Echimyidae)
3.2.3 семейство хутиевые (Capromyidae)
4.3.1 надсемейство шиншиллобразные (Chinchilloidea)
4.3.2 семейство шиншилловые (Chinchillidae)
4.3.3 семейство крысиношиншилловые (Abrocomidae)
        (не распределены)
4.3.4 семейство скальнокрысовые (Laonastidae)
4.3.5 семейство дикобразовые (Hystricidae)
4.3.6 семейство древеснодикобразовые (Erethizontidae)
4.3.7 семейство землекоповые (Bathyergidae)
4.3.8 семейство скальнокрысиные (Petromuridae)
4.3.9семейство тростниковокрысиные (Thryonomyidae)
4.3.10семейство гребнепалые (Ctenodactylidae)
4.3.11семейство гребнемышиные (Ctenomyidae)
5.4.0 подотряд шипохвостообразные (Anomaluromorpha)
5.4.1семейство долгоноговые (Pedetidae)
5.4.2семейство шипохвостые (Anomaluridae)
6.5.0 подотряд мышеобразные (Myomorpha)
6.5.1 семейство тушканчиковые (Dipodidae)
6.5.2 семейство мышовковые (Zapodidae)
6.5.3 семейство мышиные (Muridae)
6.5.4 семейство колючесоневые (Platacanthomyidae)
6.5.5 семейство слепышовые (Spalacidae)
6.5.6 семейство мышевиднохомячковые (Calomyscidae)
6.5.7 семейство зайцегубохомячковые (Nesomyidae)
6.5.8 семейство хомяковые (Cricetidae)

При этом белкообразные составляют самый древний подотряд грызунов. Вероятно все остальные, за исключением дикобразообразных, откололись от них в течение эволюции. Особым предметом споров являются дикобразообразные. Некоторые исследователи считают, что их вообще не следует причислять к грызунам, а составить из них отдельный отряд.